法律分析：
违法，化工厂不是行上的行政主体，不享有处罚权，无权进行罚款。属于变相的克扣工资，也是违法劳动合同法的，员工可申请劳动仲裁。
法律依据：
《中华人民共和国行政处罚法》 第二十三条 行政处罚由县级以上地方具有行政处罚权的行政机关管辖。法律、行规另有规定的，从其规定。