法律分析：
专家咨询费的发放应当按照国家有关规定由单位代扣代缴个人所得税。
法律依据；
《财政科研项目专家咨询费管理办法》
第十三条 专家咨询费的发放应当按照国家有关规定由单位代扣代缴个人所得税。
第十四条 单位发放专家咨询费原则上采用银行转账方式。
第十五条 单位应当建立专家咨询费的支付审核机制，负责核实专家咨询行为及专家咨询费发放的真实性、合规性，并及时向代理银行办理支付手续。对专家信息不真实、存在虚假咨询行为，以及其他违反本办法或单位有关规定的，单位应当拒绝办理支付手续。