养殖合同纠纷与一般民事纠纷的解决方式相同，通过以下方式处理：
1、协商合同当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷，这是最佳的方式。
2、调解合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解，当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。
3、不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。
4、诉讼如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷起诉到，寻求司法解决。
一、代理合同纠纷的解决方式
代理合同纠纷的解决方式主要有协商、调解、仲裁、诉讼四种。当事人可以通过协商解决纠纷，这对当事人来说是较为简便、快捷的解决方法。如果当事人不能协商一致的，可以要求有关机构进行调解。当事人还可以根据仲裁条款向仲裁机构申请仲裁。如果协议中没有订立仲裁条款，也没有达成仲裁协议，当事人也可以通过诉讼解决。
二、民事合同纠纷要怎么起诉
合同当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷，这是最佳的方式。合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解。如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷起诉到，寻求司法解决。除了上述一般特点之外，有些合同还具有其自愿的特点，如涉外合同纠纷，解决时可能会援引外国法律，而不是中国相关的合同方面的法律。
【本文关联的相关法律依据】
《民事诉讼法》第一百二十五条
当事人起诉到人民的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。