1. 菌种培养：将EM菌种加入有机物质，培养出浓度适宜的发酵液，作为菌源。
2. 施用水体：将EM发酵液均匀撒入养殖水体，可分次投放，逐步增加用量，避免冲击。
3. 定期施用：每周投放1-2次，根据水体状况调整频率与用量。
4. 环境调理：结合生态需求，使用EM菌调节水体pH值、氨氮等指标，维持水体平衡。
5. 应用于饲料：将EM菌与饲料混合，促进消化吸收，增强鱼虾等生长。
6. 联合应用：可与其他有益菌剂、生态调理剂搭配使用，协同效果更佳。