农村小产权房有争议可以通过协商、和解、仲裁、诉讼处理。当事人可以率先私下协商处理，协商不成的可以协调约定交由指定机构进行仲裁，仲裁仍未解决的，当事人可以向提起诉讼。
【本文关联的相关法律依据】
中华人民共和国仲裁法第二条
平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
中华人民共和国民事诉讼法第一百二十五条
当事人起诉到人民的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。
中华人民共和国民法典第二百三十三条
物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。