宅基地纠纷的解决办法，主要有三种：
（一）协商解决
（二）行政解决
（三）司法解决
当事人对有关的处理决定不服的，可以在接到处理决定通知之日起30日内，向人民起诉。这表明公民之间就土地的使用权和所有权发生的纠纷，先经过有关行政机关的处理，对于处理决定不服，才可以向人民提起诉讼。否则，人民不予受理。但对于侵犯土地的所有权或者使用权的，被侵权人可以不经行政机关的处理，而直接向人民起诉。
此外，宅基地纠纷还可以通过人民调解来解决。人民调解是指在调解委员会（包括城市的居民委员会和农村的村民委员会）的主持下，以国家的法律、法规规章、和社会公德为依据，对民间纠纷当事人进行说服教育、规劝疏导，促进纠纷当事人互相谅解，平等协商，从而自愿达成协议，消除纷争的一种群众自治活动。
一、宅基地面临的主要问题
（一）各地规模浩大的拆村运动，打着各种旗号，例如城乡统筹、新农村建设、旧村改造、小城镇化等。也有对应推出，诸如村改社、宅基地换房、土地换社保等等。各地都在规划着，要在一个很短的期限内，将域内农村大变样，民居改楼房。这样的运动热情与各省市对国土资源部（下称国土部）一项的欢迎密切相关：城乡建设用地增减挂钩。
（二）在城乡建设用地增减挂钩之前，尝到土地财政甜头的地方，都在辛苦寻找土地中。中国耕地保护与经济发展用地的矛盾发展到很尖锐的程度。如何找地，也成为各地国土部门的首要任务。
（三）被夺宅基地的农民，根据国土部的试点管理办法，增减挂钩严禁违背农愿、大拆大建。但在一些地方，强拆民房，强迫农民上楼的事例，已有发生。管理办法要求要在农村建设用地整理复垦潜力较大的地区试点，现实中，不顾实际情况，一刀切拆并村庄的做法，非常普遍。［5］
（四）除被要求交出宅基地之外，今后农民要获得宅基地，将成为难题，在全国多个地方，宅基地上建筑不再批准动一砖一瓦，也不另批宅基地。村民如有住房需求，需要拿宅基地住房换楼房。失去宅基地的农民，还将面临生活、生产方式转变。对于长期从事农业生产的农民来说，生活成本增加和耕种不便，成为最现实问题。
二、农村宅基地房产纠纷处理原则
1、宅基地纠纷的种类多种多样。以纠纷的双方当事人不同，可分为双方当事人都为公民的宅基地纠纷和当事人一方或双方为国家或集体的宅基地纠纷；以宅基地纠纷的内容不同，可分为使用权界限不明确的纠纷、侵占公共宅基地或他人宅基地的纠纷、妨碍他人使用权的纠纷、毁损他人土地、房屋的纠纷等。
2、宅基地纠纷可以通过人民调解来解决。人们调解是指在调解委员会（包括城市的居民委员会和农村的村民委员会）的主持下，以国家的法律、法规规章、和社会公德为依据，对民间纠纷当事人进行说服、规劝疏导，促进纠纷当事人互相谅解，平等协商，从而自愿达成协议，消除纷争的一种群众自治活动。