在高速公路违法占用应急车道的扣分情况如下：
1、车主驾驶非营运车辆，在高速公路上违法占用应急车道，车主将会受到记驾驶证6分，并处车主200元罚款的处罚：
（1）高速公路上配备的应急车道，可以供特种车辆使用，或者车主在高速公路驾驶车辆，遇到特殊情况时使用；
（2）如果车辆出现了故障，或者车内有人员受伤，车主可以将车辆停至路旁的应急车道上，打开车辆的双闪提示灯，并在车辆后方150米处，设立警示牌，等待救援车辆的到来。
2、如果车主驾驶营运性质的车辆，在高速公路上存在违法占用应急车道行为，将会受到记驾驶证12分，并处车主200元的罚款。
法律依据：《中华人民共和国道路安全法实施条例》第八十二条
机动车在高速公路上行驶，不得有下列行为：
（一）倒车、逆行、穿越分隔带掉头或者在车道内停车；
（二）在匝道、加速车道或者减速车道上超车；
（三）骑、轧车行道分界线或者在路肩上行驶；
（四）非紧急情况时在应急车道行驶或者停车；
（五）试车或者学习驾驶机动车。