法律分析：
要看你哪里做的审计，协议未做约定或者约定，发包方和承包方分别做审计，就可以。协议约定由谁付钱进行审计，就是指单方面审计，不允许做第二次。但是双方发生经济纠纷，会指定审计，就算是第二次审计。若非协议约定，并且无纠纷，其余都可以做两次审计。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第四百六十五条 依法成立的合同，受法律保护。依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。
《中华人民共和国民事诉讼法法》 第二十三条 因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民管辖。