要依情况而定。如果该分支机构是依法设立的，而且领取了营业执照，那么它可以单独作为当事人，也可以与它的具有法人资格的总公司共同作为诉讼当事人;如果该分支机构没有依法设立，或是未领取营业执照，那么应当以其总公司为诉讼当事人。
但需注意，如果是中国人民银行、各商业银行、如工商银行、农业银行、建设银行等等的分行、支行，或是保险公司的分公司、则只能以该分支机构作为诉讼当事人。
【本文关联的相关法律依据】
根据《公司法》第十四条，公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法承担民事责任。